提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
习近平致中国新闻社贺信令海外侨界华媒界受鼓舞******
中新网北京9月27日电 (记者 罗海兵)在中国新闻社建社70周年之际,中共中央总书记、国家主席、中央军委主席习近平致贺信祝贺。海外侨界华媒界人士认为,贺信体现了中国最高领导人对海外侨胞和华文媒体寄予的深情厚意,让他们感到振奋和鼓舞。
习近平贺信中肯定中新社“坚持为侨服务”,希望中新社“积极联系海外华文媒体”“促进海内外中华儿女大团结”。海外侨界和华媒界人士认为,70年来,中新社以海外华侨华人、港澳台同胞和外国友人为主要服务对象,恪守联接中外、沟通世界,领军华文媒体、服务全球华人的职责,努力讲好中国故事、传播好中国声音,既勾勒侨乡的一草一木,又书写祖(籍)国发展宏大叙事,更在关键节点敢于和善于为华侨华人发声,逐渐建设成为世界华文媒体的资讯中心。成功举办的十届世界华文传媒论坛,成为华媒人士的峰会和精神家园。
美国侨领、曾两次出席世界华文传媒论坛的著名报业出版人方李邦琴给中新社发来满满一张信笺的亲笔贺信,信中写到:作为身处海外70余年的老侨,通过中新社的平台及报道,了解了祖(籍)国及世界中华儿女的动态,在中新社成立70周年之际,不但要祝贺中新社生日快乐,更感谢中新社为国家为世界华侨的服务成就及精神。她表示,提高国际传播力及实效性是当前迫切的需要,希望中新社在国际传播上更增加“话语力”来讲好中国的故事传播中国的声音。
多位海外华媒从业者还围绕贺信中提出的讲好中国故事、传播好中国声音,推动中外文明交流和民心相通,如何发挥好桥梁作用展开热议。
有着28年美国华媒经营经验的美国《美中报导》社长江维表示,当今世界,风云变幻,在这一情势下,更彰显了华文媒体的重要性。海外华媒应服务住在国受众,建设全媒体矩阵,接轨主流社会。“海外华媒人也是民间大使,应加大力度创办及参与更多的文化交流和商务联谊等活动,从而推动中外文明交流,民心相通。”
“世界正处于一个更加复杂激荡的时代,华文媒体应加强自身敏锐度,善于发掘中外共通性和共鸣点,增进中外民众相互理解才会让双方相互发现世界观中的底蕴。”斐济《斐济日报》总编辑杨鸿濂表示,“民相亲则国相通,一个和谐共处的舆论环境是世界人民所共同期盼的。华文媒体应借势而为,在世界舞台中树立真实客观且具有独特视角的形象。”
“海外华媒是海外华侨华人的精神食粮,他们关心祖(籍)国的发展,关注家乡日新月异的变化。”巴拿马《拉美侨声报》董事长周健表示,在国外每天面对大量各种语言文字的讯息,鱼龙混杂,在这样的大环境下,秉持中正客观、爱国爱乡的华媒才有存在的价值和根基。
他说,“感谢习近平主席对海外华媒的关心!要讲好中国故事,增强对祖(籍)国的热爱,加大正面话语权,正本清源,华文媒体是一个重要平台。”(完)
(文图:赵筱尘 巫邓炎)