提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
闽南“食福”习俗:共享新年福气******
(新春走基层)闽南“食福”习俗:共享新年福气
中新网漳州2月1日电 (张小惠 黄文庆)2月1日上午,农历正月十一,福建省漳州市龙文区景山街道梧桥社区檀林社热闹非凡,村民们早早起床杀“福猪”,随后陆陆续续挑祭品到福山上祭拜,上福山、分“福肉”“福汤”,以纪念开漳圣王陈元光,共享新年福气。
闽南“食福”习俗。 龙文区委宣传部供图据龙文区开漳圣王文化研究会会长陈建生介绍,“‘食福’这个民俗活动一年一度。相传公元670年,开漳圣王陈元光祖母魏太母驰援陈政,正月十一,魏太母途经荒无人烟的檀林时,曾在福山上宰杀生猪设坛祭天祈愿。天公拜完之后剩下来的肉,就分给围观民众吃。”
“后来一支陈氏族人从北溪迁移到檀林后,便延续魏太母的做法,并继续以农历正月十一为期,在福山祭天祈福,并将煮熟的咸肉及肉汤分给族人,取名‘食福’,也叫十一福。据传,闽南的‘食福’习俗便是从这里衍生出去的。”陈建生说。
闽南“食福”习俗。 龙文区委宣传部供图如今,每年正月十一,檀林社都会举办一年一度的“食福”民俗活动。其间,村民将“福猪”引上福山,宰杀、煮成咸肉后,切块分成多份。祭天后,连同4口大锅里的“福肉汤”分发族人以及自愿参加祭祀的外嫁族人和外地人,一来祈愿国泰民安、共享福气,二来也是纪念开漳圣王陈元光及其父亲陈政、祖母魏箴。
据悉,檀林正月十一“食福”的民俗活动已于2008年被列入漳州市第三批非物质文化遗产保护名录。(完)
(文图:赵筱尘 巫邓炎) [责编:天天中] 阅读剩余全文() |